Det finns två huvudmetoder för peptidbibliotekssyntes: monomermetod och submonomermetod.
Monomer metod
Monomermetoden är en traditionell metod för peptidbibliotekssyntes. I denna metod måste alla skyddade monomerer syntetiseras först, och syntesprocessen för varje skyddad monomer är besvärlig och tidskrävande.
Sekundär monomermetod
Den sekundära monomermetoden kräver inte monomerer med skyddade alfa-aminogrupper. Denna metod består av två steg: nukleofil substitution följt av acylering. Submonomermetoden tillåter användning av vilken som helst kommersiellt tillgänglig eller syntetiskt tillgänglig amin, med stor potential för kombinatorisk kemi.